Bioinformatika Docking: Contoh Studi Senyawa Aktif dalam Piper aduncum terhadap Protein Tubulin
Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNA maupun protein. Keberadaan database adalah syarat utama dalam analisis bioinformatika. Database protein dapat ditemukan di Swiss-Prot (Swiss) untuk sekuen asam aminonya dan di Protein Data Bank (PDB) (AS) untuk struktur 3D-nya (Sussman dkk., 1998).
Edy Meiyanto
Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada Yogyakarta
Seluruh gen manusia, saat ini telah berhasil disidik. Program selanjutnya adalah melakukan analisis fungsi gen serta pemetaan hubungan gen satu dengan lainnya. Analisis ini sangat bermanfaat untuk mengenali lebih jauh mengenai proses normal biokimia dan fisiologi yang terjadi di dalam tubuh. Di samping itu analisis ini juga akan dapat membantu manusia untuk mengenali keadaan patologis seseorang serta dapat memperkirakan proses tanggapannya terhadap adanya rangsang dari luar, misalnya terhadap
Gambar . Struktur 5-Fluorouracil (kiri) dan timin (kanan)
5-Fluorouracil (5-FU) merupakan agen kemoterapi utama yang digunakan untuk terapi kanker kolon. 5-FU adalah antimetabolit yang bekerja secara antagonis dengan timin terhadap aktivitas enzim timidilat sintetase (TS). 5-FU merupakan prodrug, metabolisme 5-FU menghasilkan fluoridin-5′-trifosfat (FUTP) yang bergabung ke dalam RNA dan mempengaruhi fungsinya, dan fluorodeoksiuridilat (FdUMP) yang menghambat replikasi DNA.
5-Fluorouracil (5-FU) dikonversi menjadi 3 metabolit aktif utama yaitu : (1) fluoro-deoxyuridine monophosphate (FdUMP), (2) fluorodeoxyuridine triphosphate (FdUTP), dan (3) fluorouridine triphosphate (FUTP). Mekanisme utama aktivasi 5-FU adalah konversi menjadi fluorouridine monophosphate (FUMP) juga secara langsung oleh orotate phosphoribosyl transferase (OPRT), atau secara tidak langsung via fluorouridine (FUR) melalui aksi berurutan dari uridine phosphorylase (UP) dan uridine kinase (UK). FUMP kemudian difosforilasi menjadi fluorouridine diphosphate (FUDP), yang dapat juga difosforilasi lebih lanjut menjadi metabolit aktif fluorouridine triphosphate (FUTP), atau dikonversi menjadi fluorodeoxyuridine diphosphate (FdUDP) oleh ribonucleotide reductase (RR). Di sisi lain, FdUDP dapat pula di fosforilasi atau didefosforilasi menjadi metabolit aktif masing-msaing FdUTP dan FdUMP. Jalur aktivasi alternatif lainnya melibatkan thymidine phosphorylase yang mengkatalisis konversi 5-FU menjadi fluorodeoxyuridine (FUDR), kemudian difosforilasi oleh thymidine kinase (TK) dan menjadi thymidylate synthase (TS) inhibitor, FdUMP. Ada pula enzim Dihydropyrimidine dehydrogenase (DPD) yang mengkonversi 5-FU menjadi dihydrofluorouracil yang tidak aktif. (DHFU) adalah rate-limiting step katabolisme 5-FU pada sel normal dan sel tumor, dan proprsi dari pengrusakan menjadi metabolit tidak aktif mencapai 80% (Longley and Johnston, 2007).
Oleh: Sarmoko (Mahasiswa S2 Ilmu Farmasi UGM)
Chronic myelogenous leukemia (CML) merupakan penyakit sel punca hematopoietic dengan hasilnya adalah hiperproliferasi sel darah putih. CML diasosiakan dengan adanya abnormalitas genetik yang dikenal dengan nama kromosom Philadelphia. Fusi dari bagian kromosom 9 yang mengandung gene Abl dengan bagian kromosom 22 yang mengandung gen Bcr, menghasilkan Bcr-Abl, suatu onkogen yang memicu ekspresi Bcr-Abl. Bcr-Abl merupakan bentuk aktif secara konstitutif dari Ableson (Abl) tirosin kinase dan memicu pertumbuhan sel darah putih yang tidak terkontrol. Kromosom ini ditemukan lebih dari 95% pasien CML, membuat Bcr-Abl dijadikan target yang baik sekali pada penemuan obat terhadap tipe kanker ini.
Penulis : Hannah Farmer, Nuala McCabe, Christopher J. Lord, Andrew N. J. Tutt, Damian A. Johnson, Tobias B. Richardson, Manuela Santarosa, Krystyna J. Dillon, Ian Hickson,
Charlotte Knights, Niall M. B. Martin, Stephen P. Jackson, Graeme C. M. Smith & Alan Ashworth
Diambil dari NATURE |VOL 434 | 14 APRIL 2005 | www.nature.com/nature
Direview oleh Adam Hermawan
